义和团运动
那些侥幸留存或之后经同治皇帝修缮过的宫殿，在1900年八国联军远征中国，镇压义和团起义时，被彻底毁坏。
八国联军
由于鸦片战争和殖民国家对中国经济的操控，以及西方文化势力入侵，中国人民心里酝酿起了起义的念头。拳民或称“义和团”的这样一个秘密组织，反抗西方在中国的利益。1900年6月11日，日本书记官杉山彬被暗杀，德军抓捕了第一位“拳民”。
义和团开始于6月20日起，围攻外国教会成员居住的北京公使馆区。数千名皈依基督教的中国人被拳民杀害。
八个西方列强组成的军事联盟——奥匈帝国，法兰西共和国，德意志帝国，意大利王国，日本国，俄罗斯帝国，英国和美国——8月14日在天津组建并向北京行进以解救公使馆。外国军队对义和团展开了报复，但目标也包括平民百姓。行动指挥一职被委派给德国伯爵阿尔弗雷德·冯·瓦德西，他在北京附近的乡村发动了数次突袭，以残暴著称。冯·瓦德西打着“格杀勿论，没有俘虏”的口号，率领联军对平民进行了可怕的暴行。
北京城被八国联军占领了一年多，直到“义和团和平议定书”或称辛丑条约的签署，该条约要求中国一直赔款到1940年，并对外国开放。
抢劫和拍卖
和1860年的劫难相比，发生在1900年的八国的洗劫是更有组织性的，并且很少有文物能逃脱掠夺者的魔掌。1860年的劫掠因为运输的原因而受到限制，1900年，在北京常驻一年多的外国军队，精心策划了对圆明园、首都宫殿，包括紫禁城、店铺和一些街区、乡村的洗劫。美国在京使馆秘书赫伯特•斯奎尔，将偷来的艺术品装满了好几节火车厢运去了美国。全体联军沉湎于劫掠中，并且除了周日以外，每天都在耶稣教堂和天主教堂组织拍卖会。
如克里斯蒂娜•霍华德所记载，在英军中，劫掠是有规章进行管理的，所有掠得的文物都成为英帝国的财产。同样的规则也在其他西方军队中实施。
大部分皇室藏品因此在劫掠和随后的拍卖中消失。 在1900年八国联军占领北京之时，圆明园再次被纵火，那些好不容易在1860年英法联军战役中幸免于难的宫殿，永久地消失了。 之后，中国经历了艰难的时期，军阀割据，日本占领，园内的许多树木被北京居民拔走用于生火取暖，石头也被偷走；一些花园被农民改造成农田养活自己。 只有部分欧洲巴洛克风格的宫殿废墟能够保留下来，中式宫殿大多木制结构，已全部化为灰烬。用了不到50年，欧洲洗劫并摧毁了中国的一个奇迹。1901年，圆明园自此黯淡无光。
